Joidenkin eläinten sukupuuttoon liittyvä ongelma ei ole viimeinen paikka evoluutioteoriassa, ja sillä on ensiarvoisen tärkeä merkitys Darwinin opetuksessa. Tällä hetkellä elävien lajien lukumäärä on vain merkityksetön osa planeetalla koskaan ilmestyneiden eläinten kokonaismäärästä (alle 1%). 99% luokista on lopulta kuollut, ja tähän on monia syitä.
Hajoavimmat ovat eläimet, joita esiintyy yhdessä tai useammassa paikassa maantieteellisesti rajallisilla alueilla. Jos koko alue on käynyt läpi ihmisen toiminnan, siinä elävät lajit voivat kadota. Suora syy eräiden eläintyyppien sukupuuttoon luonnollisissa olosuhteissa on niiden määrän väheneminen alle kriittisen tason, jonka populaatiogeneettiset lait määrittävät. Kriittinen on runsauden taso, jonka alapuolella läheisesti liittyvän risteytymisen mahdollisuus kasvaa suureksi, mikä johtaa lajien geneettisen monimuotoisuuden vähenemiseen. Tämän seurauksena on osa jälkeläisiä, joilla on synnynnäisiä sairauksia, jotka lisäävät kuolleisuutta uusissa sukupolvissa. Lajit, jotka ovat muodostuneet yhden tai useamman populaation seurauksena, ovat myös nopeasti sukupuuttoon. Mikä tahansa luokka voi kadota tulipalojen, maanjäristysten, sairauksien ja ihmisen toiminnan seurauksena. Eri populaatioiden luokat ovat vähemmän alttiita sukupuuttoon. Pieniin verrattuna suurilla eläimillä on valtavat yksittäiset alueet. He tarvitsevat paljon ruokaa, ja heistä tulee usein ihmisten saalista. Suuret eläimet ovat alttiimpia tuhoamiselle paitsi siksi, että he ovat saalista, myös siksi, että he kilpailevat ihmisten kanssa riistajahdissa, joskus hyökkäävät ihmisiin ja karjaan. Ne ovat myös alttiita sukupuuttoon edellyttäen, että osa niiden alueesta tuhoutuu. Luonnon luonnollisen kehityksen myötä ympäristömuutokset pakottavat joitain luokkia sopeutumaan uusiin olosuhteisiin. Eläimet, jotka eivät kykene sopeutumaan, pakotetaan muuttamaan sopiviin elinympäristöihin. Muuten niiden lajeja uhkaa sukupuutto. Luonnonvarojen nopea kehitys on nopeampaa kuin sopeutuminen, jolloin muuttoliike on ainoa vaihtoehto. Eläinryhmät, jotka eivät voi ylittää peltoja, teitä ja muita häiriintyneitä elinympäristöjä, on tuomittu sukupuuttoon. Utilitarismi on aina ollut edellytys erittäin arvokkaiden eläinlajien sukupuuttoon. Liiallinen liikakäyttö voi vähentää väestömääriä rajusti. Jos metsästystä ei säännellä lailla, tietyntyyppiset eläimet voivat olla sukupuuton partaalla.
