Moskovan metrolla on useita teemajunia. Kuuluisin ja värikkäin niistä on "Aquarelle", joka kulkee Arbatsko-Pokrovskaya-linjaa pitkin. Pääkaupungin asukkaat ja vieraat pitivät ajatuksesta tällaisista junista erittäin paljon, joten teema-autojen määrä kasvaa.
Vanhin tällä hetkellä toimivista temaattisista ryhmistä on kansanmilitia. Juna aloitettiin ensimmäisen kerran vuonna 1989 Zamoskvoretskaya-radalla. Alun perin juna ei eronnut muista metroajoneuvoista, mutta sen suunnittelu päivitettiin 8. marraskuuta 2006. Tällä junalla ei ole tarkkaa aikataulua, ja se voi ilmestyä milloin tahansa. "Kansan miliisin" erottuva piirre ovat salongin sisällä esitetyt materiaalit Suuresta isänmaallisodasta.
Toinen temaattinen sävellys on "Kursk Bulge". Se aloitti työnsä 8. toukokuuta 2003 Sokolnicheskaya-radalla. Juna oli koristeltu Kurskin taistelun 60. vuosipäivän muistoksi. "Kursk Bulge" koostuu seitsemästä autosta, pääosat on koristeltu St. George -nauhoilla ja metallilevyillä. Sisällä näet tietoa Moskovan metro-panssarijunan historiasta.
Ensimmäisen Pietari-Moskova-merkkijunan 75-vuotisjuhlan kunniaksi Red Arrow -juna julkaistiin 75 vuotta. Juna on maalattu punaiseksi, ovilla on myös erottuva keltainen vaakasuora raita, tyyliltään numero 75. Sisätiloissa on punaiset istuimet ja punertava kimalteleva lattia, keltaiset kaiteet. Seinät on koristeltu punaisen nuolen tarinan julisteilla.
Hyvin epätavallinen on vuonna 2007 käynnistetty Aquarelle-juna, joka on koko kuvagalleria taiteilija Sergei Andriyakan ja hänen koulunsa lahjakkaimpien opiskelijoiden kopioista. Maalausten yläpuolelle on asennettu valaistus, ja useita suuria ikkunoita ja istuimia on poistettu. Juna ja vaunut on päällystetty folioilla, joissa on piirroksia hedelmistä ja kukista. Jokainen vaunu on ainutlaatuinen.
Sävellys "Reading Moscow", joka aloitti työnsä 31. toukokuuta 2008, on myös alkuperäinen. Ulkopuolella on koristeita "Reading Moscow" -tyyliin, kun taas junassa on kokoelma kuvia kirjallisuuden hahmoista ja otteita monista teoksista sekä lapsille että aikuisille.
Retro-juna "Sokolniki" näyttää erittäin kauniilta, ja se näyttää Moskovan ensimmäiseltä junalta. Juna on maalattu 1930-luvun metron tyyliin, mutta tämä juna ei ole tarkka kopio tuon ajan junasta.
1.8.2012 julkaistiin uusi teemajuna, joka luotiin Venäjän rautateiden 175. vuosipäivän kunniaksi. Autojen seinät on koristeltu julisteilla, joissa on historiaa ja valokuvia Venäjän rautateistä; junassa ei ole mainontaa.
